*
*


CAPTCHA Image   Reload Image
X

'Молекулярное моделирование межфазной границы жидкость-жидкость в растворах аминокислот

курсовые работы, Физика

Объем работы: 56 стр.

Год сдачи: 2005

Стоимость: 400 руб.

Просмотров: 606

 

Не подходит работа?
Узнай цену на написание.

Оглавление
Введение
Литература
Заказать работу
Содержание
Введение 6
I Общая постановка задачи 8
II Обсуждение задачи 8
1 Раздел фаз 9
1.1 Гравитационно-капиллярные волны 9
1.2 Тепловые капиллярные волны 11
1.3 Экспериментальное определение толщины раздела фаз 12
1.4 Раздел фаз: вода-н-алканы 13
1.5 Фазовые диаграммы 14

2 Свободная энергия переноса 15
3 Адсорбция 15

3.1 Уравнение Гиббса 16
3.2 Свободная энергия адсорбции 16

4 Аминокислоты 16
5 Методы молекулярной динамики 17

5.1 Общие положения 17
5.2 Силовые поля 17

5.2.1 Модели воды 19
5.2.2 Учёт дальних взаимодействий 20

5.3 Баростаты 20
5.4 Расчёт поверхностного натяжения 20
5.5 Методы расчёта свободной энергии в молекулярной динамике 20
5.6 Обзор исследований 21
5.7 Идеи решения задачи 21
III Проведённые исследования 21
6 Использованные продукты 21
7 Модель 1 21
7.1 Описание модели 23
7.1.1 Модель аминокислотных остатков 23
7.2 Параметры МД расчёта 23
7.3 Обработка данных 25
7.4 Полученные данные 27
7.4.1 Алании 28

2
2

Аргинин 29
7.4.3 Глутамин 30
7.4.4 Глицин 31
7.4.5 Лейцин 32
7.4.6 Лизин 33
7.4.7 Метионин 34
7.4.8 Фенилаланин 35
7.4.9 Триптофан 36
7.4.10 Валин 37
7.5 Анализ результатов 38
7.5.1 Динамика остатков 39
7.6 Обсуждение результатов 40
8 Модель 2 40
8.1 Описание модели 40
8.2 Результат и обсуждение 41

8.2.1 Параметры баростатирования 41
8.2.2 Профили плотности 41
8.2.3 Динамика остатка 42
Заключение 43
3
Список иллюстраций
1 Двумерная классификационная диаграмма [3] 7
2 Сравнение профилей гидрофобности для белка лизоцим G чёрного ле¬
бедя (Р00717) и белка-предшественника лизоцима G у цыплёнка (Р27042) 9
3 Зависимость толщины интерфейса от типа н-алкана[20] 15
4 Фазовая диаграмма воды по [24] 16
5 Химическое представление аминокислоты [25] 17
6 Первичная структура белка и обозначения углов вращения ф,ф [25]. . . 17
7 Неполярные и полярные аминокислотные остатки по [26] 18
8 Ароматические аминокислотные остатки по [26] 18
9 Положительно и отрицательно заряженные аминокислотные остатки
по [26] 18
10 Модель воды TIP3P 19
11 Модель 1. Система для МД расчёта 22
12 Полноатомная модель аминокислотного остатка 24
13 Результаты модели 1 для аланина 28
14 Результаты модели 1 для аргинина 29
15 Результаты модели 1 для глутамина 30
16 Результаты модели 1 для глицина 31
17 Результаты модели 1 для лейцина 32
18 Результаты модели 1 для лизина 33
19 Результаты модели 1 для метионина 34
20 Результаты модели 1 для фенилаланина 35
21 Результаты модели 1 для триптофана 36
22 Результаты модели 1 для валина 37
23 График размера ячейки по оси Z от времени при г = 0,1пс 41
24 График размера ячейки по оси Z от времени при г = 5пс 42
25 Графики профиля плотности системы вода-гексан в двух масштабах . 46
26 Результаты модели 2 для фенилаланина 47

4
4

Список таблиц
1 Индекс гидрофобности аминокислот по шкале Кайта-Дулиттла 8
2 Плотность и поверхностное натяжение систем из воды и гексана .... 11
3 Экспериментальная толщина локального интерфейса в системе вода-
н-алканы по [20] 14
4 Численные значения параметров модели воды TIP3P 20
5 Модель 1. Исследованные аминокислотные остатки и длины траекторий 27
6 Характерные размеры ALA и РНЕ 39

5
5

Введение
Одной из основных составных частей биологической системы, обеспечивающих её работу и существование, являются белки и их комплексы. Белки состоят из огра¬ниченного числа типов мономерных звеньев...
Список литературы
[Ц Sotomatsu-Niwa, Т.; Ogino, A. J. Mol. Structure (Theochem), 1997, 392, 43.
[2] Stryer, L. Biochemistry, 4th ed. W. H. Freeman & Company: New York, 1995; Part I, chapter 1.
[3] Ivan M. Okhapkin, Elena E. Makhaeva, Alexei R. Khokhlov, Two-dimensional classification of nonionic compounds based on interfacial and partitioning properties: case of monomers of water-soluble polymers, in press
[4] Kyte J., and Doolittle R.F. A Simple Method for Displaying the Hydropathic Character of a Protein . Jou
al of Molecular Biology 157(6): 105-142, 1982.
[5] Норр Т.Р., and Woods K.R. Prediction of protein antigenic determinants from amino acid sequences. Proc. Nat. Acad. Sci. USA 78(6): 3824-3828, June 1981
[6] Protein Hydrophilicity Search and Comparison Server.
http://bioinformatics.weizmann.ac.il/hydroph/index.html
[7] Experimentally Determined Hydrophobicity Scales; Stephen White Laboratory at UC Irvine http://blanco.biomol.uci.edu/hydrophobicity_scales.html
43

[8] Физическая энциклопедия, http://www.phys-encyclopedia.net/, т. 1, стр. 332 [9] J. Als-Nielsen, F. Christensen, and P.S. Pershan, Phys. Rev. Lett. 48, 1107 (1982)
[10] A. Braslau, P.S. Pershan, G. Swislow, B.M. Ocko, J. Als-Nielsen, Capillary waves on the surface of simple liquids measured by x-ray reflectivity, Phys. Rev A, V. 38, N 5, p.2457, 1988
[11] F.P. Buff, R.A. Lovett, and F.H. Stillinger, Phys. Rev. Lett. 15, 621 (1965)
[12] R. Loudon, in Surface Excitations, edited by V.M. Agranovich and R. Lounder
(Elsiver, New York, 1984)
[13] B. M. Ocko, X.Z. Wu, E.B. Sirota, S.K. Sinha, and M. Deutsch, X-ray Reflectivity Study of Thermal Capillary Waves on Liquid Surfaces, Phys. Rev. Lett. 72, 242, 1994
[14] J.S. Rowlinson and B. Widom, Molecular Theory of Capillarity, Clarendon, Oxford, 1982
[15] J.D. Weeks, JCP 67, 3106 (1977)
[16] J.V. Sengers and J.M.J. van Leeuwen, Phys. Rev. A 39, 6346 (1989)
[17] J. Meunier, J. Phys (Paris) 48, 1819 (1987)
[18] M.P. Gelfand and M.E. Fisher, Physica...

После офорления заказа Вам будут доступны содержание, введение, список литературы*
*- если автор дал согласие и выложил это описание.

Работу высылаем в течении суток после поступления денег на счет
ФИО*


E-mail для получения работы *


Телефон


ICQ


Дополнительная информация, вопросы, комментарии:



CAPTCHA Image
Сусловиямиприбретения работы согласен.

 
Добавить страницу в закладки
Отправить ссылку другу