'Молекулярное моделирование межфазной границы жидкость-жидкость в растворах аминокислот

Список иллюстраций
1 Двумерная классификационная диаграмма [3] 7
2 Сравнение профилей гидрофобности для белка лизоцим G чёрного ле¬
бедя (Р00717) и белка-предшественника лизоцима G у цыплёнка (Р27042) 9
3 Зависимость толщины интерфейса от типа н-алкана[20] 15
4 Фазовая диаграмма воды по [24] 16
5 Химическое представление аминокислоты [25] 17
6 Первичная структура белка и обозначения углов вращения ф,ф [25]. . . 17
7 Неполярные и полярные аминокислотные остатки по [26] 18
8 Ароматические аминокислотные остатки по [26] 18
9 Положительно и отрицательно заряженные аминокислотные остатки
по [26] 18
10 Модель воды TIP3P 19
11 Модель 1. Система для МД расчёта 22
12 Полноатомная модель аминокислотного остатка 24
13 Результаты модели 1 для аланина 28
14 Результаты модели 1 для аргинина 29
15 Результаты модели 1 для глутамина 30
16 Результаты модели 1 для глицина 31
17 Результаты модели 1 для лейцина 32
18 Результаты модели 1 для лизина 33
19 Результаты модели 1 для метионина 34
20 Результаты модели 1 для фенилаланина 35
21 Результаты модели 1 для триптофана 36
22 Результаты модели 1 для валина 37
23 График размера ячейки по оси Z от времени при г = 0,1пс 41
24 График размера ячейки по оси Z от времени при г = 5пс 42
25 Графики профиля плотности системы вода-гексан в двух масштабах . 46
26 Результаты модели 2 для фенилаланина 47

4
4

Список таблиц
1 Индекс гидрофобности аминокислот по шкале Кайта-Дулиттла 8
2 Плотность и поверхностное натяжение систем из воды и гексана .... 11
3 Экспериментальная толщина локального интерфейса в системе вода-
н-алканы по [20] 14
4 Численные значения параметров модели воды TIP3P 20
5 Модель 1. Исследованные аминокислотные остатки и длины траекторий 27
6 Характерные размеры ALA и РНЕ 39

5
5

Введение
Одной из основных составных частей биологической системы, обеспечивающих её работу и существование, являются белки и их комплексы. Белки состоят из огра¬ниченного числа типов мономерных звеньев...

Список литературы
[Ц Sotomatsu-Niwa, Т.; Ogino, A. J. Mol. Structure (Theochem), 1997, 392, 43.
[2] Stryer, L. Biochemistry, 4th ed. W. H. Freeman & Company: New York, 1995; Part I, chapter 1.
[3] Ivan M. Okhapkin, Elena E. Makhaeva, Alexei R. Khokhlov, Two-dimensional classification of nonionic compounds based on interfacial and partitioning properties: case of monomers of water-soluble polymers, in press
[4] Kyte J., and Doolittle R.F. A Simple Method for Displaying the Hydropathic Character of a Protein . Jou
al of Molecular Biology 157(6): 105-142, 1982.
[5] Норр Т.Р., and Woods K.R. Prediction of protein antigenic determinants from amino acid sequences. Proc. Nat. Acad. Sci. USA 78(6): 3824-3828, June 1981
[6] Protein Hydrophilicity Search and Comparison Server.
http://bioinformatics.weizmann.ac.il/hydroph/index.html
[7] Experimentally Determined Hydrophobicity Scales; Stephen White Laboratory at UC Irvine http://blanco.biomol.uci.edu/hydrophobicity_scales.html
43

[8] Физическая энциклопедия, http://www.phys-encyclopedia.net/, т. 1, стр. 332 [9] J. Als-Nielsen, F. Christensen, and P.S. Pershan, Phys. Rev. Lett. 48, 1107 (1982)
[10] A. Braslau, P.S. Pershan, G. Swislow, B.M. Ocko, J. Als-Nielsen, Capillary waves on the surface of simple liquids measured by x-ray reflectivity, Phys. Rev A, V. 38, N 5, p.2457, 1988
[11] F.P. Buff, R.A. Lovett, and F.H. Stillinger, Phys. Rev. Lett. 15, 621 (1965)
[12] R. Loudon, in Surface Excitations, edited by V.M. Agranovich and R. Lounder
(Elsiver, New York, 1984)
[13] B. M. Ocko, X.Z. Wu, E.B. Sirota, S.K. Sinha, and M. Deutsch, X-ray Reflectivity Study of Thermal Capillary Waves on Liquid Surfaces, Phys. Rev. Lett. 72, 242, 1994
[14] J.S. Rowlinson and B. Widom, Molecular Theory of Capillarity, Clarendon, Oxford, 1982
[15] J.D. Weeks, JCP 67, 3106 (1977)
[16] J.V. Sengers and J.M.J. van Leeuwen, Phys. Rev. A 39, 6346 (1989)
[17] J. Meunier, J. Phys (Paris) 48, 1819 (1987)
[18] M.P. Gelfand and M.E. Fisher, Physica...